การเตรียมเอนไซม์ได้มาจากสิ่งมีชีวิตและโดยทั่วไปปลอดภัยกว่าและสามารถใช้ได้ในปริมาณที่เหมาะสมตามความต้องการในการผลิต จุลินทรีย์ที่ผลิตได้มีอยู่ 3 กลุ่มใหญ่ๆการเตรียมเอนไซม์: เชื้อราเส้นใย ยีสต์ และแบคทีเรีย ส่วนใหญ่ใช้แบคทีเรียในอากาศที่ดี สายพันธุ์และการใช้งานของเอนไซม์อุตสาหกรรมหลักหลายชนิด มีดังนี้
(1)อะไมเลส
อะไมเลสไฮโดรไลซ์แป้งเพื่อผลิตมอลโต-โอลิโกแซ็กคาไรด์และมอลโตสเป็นแป้ง ส่วนใหญ่ผลิตโดยการหมักบาซิลลัสซับติลิสและบาซิลลัส ไลเชนิฟอร์มนิสในสกุลบาซิลลัสและชนิดหลังจะผลิตเอ็นไซม์ที่ทนความร้อนได้ นอกจากนี้ ยังผลิตโดยการแช่น้ำและกึ่งซอล การหมักด้วยสายพันธุ์ Aspergillus และ Rhizopus ซึ่งเหมาะสำหรับการแปรรูปอาหาร อะไมเลสส่วนใหญ่ใช้สำหรับการทำน้ำตาล การแยกขนาดสิ่งทอ การแปรรูปวัตถุดิบการหมัก และการแปรรูปอาหาร กลูโคอะไมเลสสามารถไฮโดรไลซ์แป้งเป็นกลูโคส ซึ่งขณะนี้เกือบทั้งหมดผลิตโดย Aspergillus niger การหมักแช่สำหรับการผลิตน้ำตาล การผลิตแอลกอฮอล์ การแปรรูปวัตถุดิบการหมัก ฯลฯ
(2)โปรตีเอส
สายพันธุ์ที่ใช้มากที่สุดและพันธุ์การผลิต ใช้ Bacillus licheniformis, Bacillus pumilus และ Bacillus subtilis เพื่อผลิตแบคทีเรีย protease โดยการหมักใต้น้ำ ใช้การหมักแบบแช่น้ำ Streptomyces และ Aspergillus เพื่อผลิต Protease ที่เป็นกลางและ Aspergillus acid protease สำหรับการกำจัดขนหนัง การทำให้ขนอ่อนลง ร้านขายยา และอุตสาหกรรมอาหาร แบคทีเรียบางชนิดในสกุล Mucor ได้รับการหมักแบบกึ่งแข็งเพื่อผลิต Rennet ซึ่งมาแทนที่ตับที่สกัดจากลูกวัวแต่เดิม กระเพาะอาหารในการผลิตชีส
(3) กลูโคสไอโซเมอเรส
ความหลากหลายที่พัฒนาอย่างรวดเร็วในทศวรรษ 1970 ขั้นแรกคือการหมักแบบจุ่มเพื่อให้ได้เซลล์ หลังจากการตรึง สารละลายกลูโคสจะถูกแปลงเป็นน้ำเชื่อมที่มีฟรุกโตสประมาณ 50% น้ำเชื่อมนี้สามารถใช้ในอุตสาหกรรมอาหารแทนซูโครส การใช้อะไมเลส กลูโคอะไมเลส และกลูโคสไอโซเมอเรสเพื่อผลิตน้ำเชื่อมฟรุกโตสจากแป้งข้าวโพดได้กลายเป็นหนึ่งในอุตสาหกรรมน้ำตาลที่เกิดขึ้นใหม่
